Важным свойством пектиновых веществ является способность их растворов к образованию прочных гелей, или студней. Оптимальные условия желеобразования  - пектин в присутствии сахара (65 - 75 %) и кислоты (рН 3 - 3,5). Особое влияние на способность к желеобразованию оказывают присутствующие в растворе неорганические соли и степень этерификации карбоксильных групп полисахаридов. Чем выше молекулярная масса пектина и чем больше в нем метаксильных групп, тем выше его желейная способность.

Полигалактуроновые (пектиновые цепочки), являясь структурными элементами протопектина, могут быть связаны в нем различными мостиками  - солевыми, эфирными, ангидридными и др. Постоянное присутствие в клеточных стенках Са и Mg указывает на вероятность их участия в образовании солевых мостиков путем замещения водорода в неэтерифицированных СООН группах двух пектиновых цепочек.

Часть фосфорной кислоты, являющейся составной частью клеточных стенок, может соединять соседние пектиновые вещества эфирной связью через ОН группы. Посредством фосфорной кислоты возможно присоединение к пектиновым веществам таких полисахаридов, как арабан и галактан. Полигалактуроновые цепи могут иметь и ангидридную связь.